m5C mRNA甲基化测序

m5C mRNA甲基化测序

m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C普遍存在，但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。我们率先开展m5C RNA甲基化测序服务，采用经典重亚硫酸盐处理的方式进行测序（Bisulfite Sequencing, 简称 Bis-seq）。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。此外，我们亦提供 m5C 甲基化免疫沉淀测序（m5C Methylation Immunoprecipitation Sequencing，简称 m5C MeRIP-seq）服务，助力 m5C 修饰研究。

m5C RNA甲基化测序流程

RNA甲基化测序产品

技术优势

一站式服务：

客户只需提供组织、细胞、体液样品或RNA，我们为您完成m5C RNA-Seq全套实验服务。

严格的质控：

我们对m5C RNA-Seq实验每一步骤均设有关键质控，保证客户得到优 质数据。

专业的生物信息学分析：

我们拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全 面挖掘。

样本要求

样品类型：

细胞、新鲜组织或RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量：

a) 细胞：2×107 

b) 组织：100 mg-1 g

c) RNA：30-300 μg（OD260/280：1.6-2.3；RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7）

样品运输与保存

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。

数据分析（下列有※表示个性化分析）

1、识别RNA甲基化位点

通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域。

2、RNA甲基化位点的注释※

富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。

3、RNA甲基化位点在基因组中的分布※

根据注释信息，绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。

4、RNA甲基化位点Motif分析※

RNA上甲基化的位点，可能包含某种序列 motif。RNA甲基化酶可能正是通过识别这些 motif 特异性进行甲基化修饰，从而完成转录后调控功能。我们成功识别了全基因组的RNA上的甲基化位点后，获取序列就能使用生物信息学的手段来搜索这些 motif，从而揭示 RNA甲基化修饰的机制。

5、差异RNA甲基化位点的识别与注释

我们使用meRanCompare软件识别两个/组样品间的差异甲基化位点，以FDR<0.01作为阈值，具体的以测序报告为准。 识别样本间的差异甲基化区，发现与特定表型或疾病相关的甲基化区域。

6、差异RNA甲基化位点的GO与信号通路分析

对差异甲基化基因进行功能分类，并发现明显富集的功能条目。

案例解析：

案例1：DNA修饰酶Tet2影响Socs3分子发生m5C RNA甲基化并参与机体免疫反应的过程

原文：Tet2 promotes pathogen infection-induced myelopoiesis through mRNA oxidation

期刊：Nature 影响因子：41.58

免疫学重点实验室院士曹雪涛团队发现DNA修饰酶Tet2分子可以通过调控RNA修饰的方式促进机体增加天然免疫细胞的数量和功能，以应对病原体感 染及其炎症反应。在本文中，作者发现Tet2酶能够直接结合免疫信号通路负调控分子Socs3的mRNA的3-UTR，并抑 制该区域m5C RNA甲基化。通过功能实验，验证发现此过程还需要与adar1结合，促进Socs3 mRNA形成dsRNA或发卡结构，引起Socs3被降解，在机体早期感 染天然免疫细胞的发生及功能发挥作用。         

图1. Tet2影响Scocs2发生m5C RNA甲基化机制图