丝氨酸蛋白酶是一个蛋白酶家族，它们的作用是断裂大分子蛋白质中的肽键，使之成为小分子蛋白质。在哺乳类动物里面，丝氨酸蛋白酶扮演着很重要的角色，特别是在消化，凝血和补体系统方面。其激活是通过活性中心一组氨基酸残基变化实现的，它们之中一定有一个是丝氨酸。

丝氨酸蛋白酶的特点是具有独特的结构，由两个在催化活性位点会聚的β-桶结构域组成。这些酶可以根据它们的底物特异性进一步分类为胰蛋白酶样、胰凝乳蛋白酶样或弹性蛋白酶样。

胰蛋白酶样

胰蛋白酶样蛋白酶在带正电荷的氨基酸（赖氨酸或精氨酸）之后切割肽键。这种特异性是由位于酶S1口袋底部的残基驱动的（通常是带负电荷的天冬氨酸或谷氨酸）。

胰凝乳蛋白酶样

胰凝乳蛋白酶样酶的S1口袋比胰蛋白酶样蛋白酶更疏水。这导致对中到大尺寸疏水残基的特异性，例如酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸。

类凝血酶

类弹性蛋白酶

弹性蛋白酶样蛋白酶的S1裂缝比胰蛋白酶或胰凝乳蛋白酶样蛋白酶小得多。因此，残基如丙氨酸、甘氨酸和缬氨酸往往是优选的。

枯草杆菌蛋白酶

枯草杆菌蛋白酶是原核生物中的一种丝氨酸蛋白酶。枯草杆菌蛋白酶在进化上与胰凝乳蛋白酶家族无关，但具有相同的催化机制，利用催化三联体来产生亲核丝氨酸。这是用来说明趋同进化的经典例子，因为同一机制在进化过程中独立进化了两次。